Primero hay que ir al menú: Macro > Modificar enlace/Borrar macro, ya habrá creada la macro que hace esa función, solo debemos cambiar el atajo actual por ctrl+s.

Después vamos al menú: Configuración > Enlaces directos, y de todos los atajos buscamos el de Guardar, que estará en rojo por coincidir por el modificado antes, y pulsamos en Clear.

De este modo la macro tiene el atajo predefinido de guardar, y el de guardar no tienen ninguno. Ahora al guardar todos los caracteres en blanco a la derecha del texto/código se borraran al mismo tiempo que se guardan los cambios.

Fuente:

https://superuser.com/questions/699382/how-do-i-automatically-trim-trailing-whitespace-with-notepad