Añadir el siguiente comando junto a uno de los siguientes valores en el apartado Extra Options de la pestaña Video.
, --rotate=3- 1 : x flip
- 2 : y flip
- 3 : 180 degrees rotate (also the DEFAULT)
- 4 : 90 degrees rotate (clockwise)
- 5 : 90 degrees rotate + y flip
- 6 : 270 degrees rotate + y flip
- 7 : 270 degrees rotate
Fuente: http://superuser.com/questions/418985/can-handbrake-flip-rotate-a-video